Awọn ifilọlẹ igbagbogbo ti aṣẹgun ara ilu Sipeeni Don Nuño Beltrán de Guzmán si awọn ilẹ iwọ-oorun ti orilẹ-ede naa, lati mu ijọba ati agbara rẹ pọ si lori awọn agbegbe wọnyẹn, jẹ ki idasilẹ igberiko tuntun kan ti a pe ni Kingdom of New Galicia.
Orisirisi awọn ẹgbẹ abinibi ni o gbe agbegbe naa, ti o ntẹsiwaju ba awọn ileto ti awọn ara ilu Sipania ti n da silẹ ninu rẹ jẹ. Lieutenant ti Nuño de Guzmán, Captain Juan B. de Oñate gba awọn aṣẹ lati tu awọn igberiko naa loju ati lati wa Villa de Guadalajara ni aaye ti a pe ni Nochistlán, otitọ kan pe o pari ni Oṣu Kini ọjọ 5, ọdun 1532. Ni wiwo awọn ikọlu abinibi loorekoore lori ilu naa o ni lati gbe ni ọdun kan nigbamii si Tonalá ati nigbamii si Tlacotlán. Iyipada kẹta ni a ṣe lati yanju ilu ni afonifoji Atemajac, nibiti a ti fi idi ilu mulẹ ni ọjọ Kínní 14, 1542 pẹlu niwaju Cristóbal de Oñate gẹgẹbi gomina Nueva Galicia ati Don Antonio de Mendoza, lẹhinna igbakeji ti New Spain, ẹniti o yan Miguel de Ibarra Mayor ati baalẹ gomina.
Ilu naa dagbasoke ni iyara o bẹrẹ si dije pẹlu ti Compostela (loni Tepic), eyiti o jẹ ijoko ti agbara ẹsin ati ti ilu lẹhinna, ki awọn olugbe Guadalajara ṣe iru titẹ bẹ lori awọn alaṣẹ ti Audiencia, pe ọba Felipe II pinnu lati fun Iwe-ẹri ti ọjọ 10 Oṣu Karun, 1560 lati gbe lati Compostela si Guadalajara, Katidira, Ile-ẹjọ Royal ati awọn oṣiṣẹ Iṣura.
A gbero eto ilu ni ibamu si ti awọn ilu amunisin miiran, nitorinaa agbekalẹ akọkọ rẹ ni irisi chessboard lati ibi ti San Fernando square. Nigbamii awọn agbegbe ti Mexicaltzingo ati Analco ni iṣeto nipasẹ Fray Antonio de Segovia, ati adugbo ti Mezquitán, ọkan ninu awọn agbalagba julọ. Awọn ile gbọngan ilu tun wa ni idasilẹ, ni idakeji tẹmpili lọwọlọwọ ti San Agustín ati ile ijọsin ijọsin akọkọ nibiti Palace ti Idajọ wa.
Loni, ilu ologo, ti o pọ julọ ni awọn ile amunisin, ṣe afihan nọmba to dara ti awọn apẹẹrẹ ayaworan ti o baamu, gẹgẹbi Katidira rẹ, aaye ti o gbọdọ wo, ti a ṣe laarin 1561 ati 1618 nipasẹ ayaworan Martín Casillas. Ara rẹ ti ni ipin bi baroque incipient. Ẹya ara rẹ ti o lagbara ni iwaju Plaza de Guadalajara loni, pẹlu awọn ile-iṣọ iyanilenu rẹ pe, botilẹjẹpe wọn ko wa si aṣa atilẹba ti ile naa, ni a ṣe akiyesi lọwọlọwọ bi aami ti olu-ilu Guadalajara. Awọn ile-iṣọ atijọ ti parun ni ọgọrun ọdun kọkanla nipasẹ iwariri-ilẹ, nitorinaa awọn ti o ni loni ni a fi kun. Inu ti tẹmpili jẹ ologbele-Gotik ni aṣa, pẹlu awọn ohun ifin ti o jẹ ti lace.
Awọn agbegbe ẹsin miiran lati ọrundun kẹrindinlogun ni San Francisco convent, ti a ṣeto ni 1542 nitosi odo, ni adugbo Analco, ati pe o fẹrẹ parun patapata ni Igba Atunformatione. Tẹmpili rẹ, ti a tunṣe ni ipari ọdun 17, pẹlu Baroque facade ti awọn ila Solomoni ti o niwọnwọn, ni a fipamọ. Awọn convent ti San Agustín, ni a ṣeto ni 1573 nipasẹ Ofin ọba ti Felipe II ati lọwọlọwọ ṣetọju tẹmpili rẹ pẹlu oju rẹ ti awọn ila Herrerian ti o nira ati inu inu rẹ pẹlu awọn ibi ifura.
Santa María de Gracia, miiran ti awọn ipilẹ igbimọ, ti tẹdo nipasẹ awọn arabinrin Dominican lati Puebla, ti a kọ ni 1590 ni iwaju Plaza de San Agustín ti o si sanwo nipasẹ Hernán Gómez de la Peña. Ikọle naa wa lati gba awọn bulọọki mẹfa, botilẹjẹpe loni nikan tẹmpili rẹ tẹsiwaju, pẹlu facade neoclassical lati idaji keji ti ọdun 18th.
